1945年5月園林的建造在空襲中幾乎全毀。戰後，庭園曾一度作為東京都立農業科學講習所的高等科所在地。然而在1945年5月，園林的建造在空襲中幾乎全毀。戰後，庭園曾一度作為東京都立農業科學講習所的高等科所在地。1949年5月21日，庭園作為「國民公園新宿御苑」正式對公眾開放，並於次年移至厚生省管轄。