玉架山遗址于2008年考古发掘，发现6处良渚文化环壕聚落遗址，清理墓葬646座、灰坑30余座，出土文物8000余件，2011年入选“全国十大考古新发现”。博物馆位于玉架山考古遗址公园内，总面积超12万平方米，2017年被列为省级文物保护单位，2020年入选省级考古遗址公园。2024年底完成主体验收，2025年5月与遗址公园同步开放，成主体验收，2025年5月与遗址公园同步