馬祖主要由南竿島（馬祖島）、北竿島、高登島、亮島、東莒島（東犬島）、西莒島（西犬島）、東引島、西引島及其附屬小島共計36個島嶼、礁嶼組成。 除了地形地貌和人文特色外，因地理位置關係而成為多種候鳥過境或渡冬的區域，2000年成立馬祖列島燕鷗保護區。